Руководитель — архиепископ Якутский и Ленский Роман
Миссионерская работа остается одной из наиболее приоритетной в деятельности епархии. По благословению архипастыря священники направляются в удаленные районы для организации приходской жизни и духовного окормления уже существующих общин.
Отдел функционирует в тесном взаимодействии с другими отделами епархии: религиозного образования и катехизации, по переводу Священных и богослужебных текстов, по благотворительности, по делам коренных и малочисленных народов, информационным и издательским.