Отдел по канонизации святых
Отдел религиозного образования и катехизации
Миссионерский отдел
Отдел по благотворительности и социальному служению
Отдел по делам коренных и малочисленных народов Якутии
Отдел по взаимодействию с казачеством
Издательский отдел
Отдел по переводу Священных и богослужебных текстов на якутский язык
Отдел по церковному искусству и музейному делу
Отдел по работе с людьми, страдающими алкогольной, наркотической и иными зависимостями
Отдел по делам монастырей и монашеству
Ставленническая комиссия
Отдел по вопросам семьи, защиты материнства и детства