На протяжении 20 лет жители Ленска будут помнить, как всей страной восстанавливали город от разрушительного наводнения. Храм святителя Иннокентия Московского считается одним из символов возрождения города.
Жизнь прихода началась с хлопотами об выделении земли под его строительство. Администрацией были выделены средства на проектно-сметную документацию, были снесены ветхие здания после наводнений 1998 и 2001 годов, в городе начался сбор средств на возведения святыни. Имя прихода в честь свт. Иннокентия Московского дал владыка Герман, первый архиерей возрожденной Якутской епархии.
Собранных средств не хватало и строительство храма приходилось периодически останавливать. При этом не останавливалась жизнь прихода. По прежнему проходили Крещения, служились Литургии, молебны, панихиды, освящалась вода. Приход обретает своего первого пастыря. Отец Сергий Никитченко закладывает камень в фундамент будущего храма и деревянный крест и несколько деталей, оставшихся от Мухтуйского Николаевского храма. Важному событию в истории города предшествовали праздничный молебен и Крестный ход.
Вскоре на смену первому пастырю назначен иерей Владимир Ташкинов. При отце Владимире весной 2001 года храм был выведен под потолочные перекрытия.
Вокруг храма на территории лежал стройматериал, который река в наводнение 2001 года, уносившая целые дома, не тронула. Маковки куполов так и остались стоять на своем месте. Разрушенный Ленск восстанавливали всей страной, также и храм строился не только силами жителей Ленска. Храм был освящен владыкой Германом 23 сентября 2001 года.
В последующие годы прихожане утепляли храм, обустраивали приходскую жизнь. В ноябре 2004 года в Ленск прибыл новый епископ Якутский и Ленский – Зосима (Давыдов). За небольшой период времени с 2005 года настоятелями храма становятся изначально Владимир Ташкинов, а чуть позже отец Леонид Тарасов. 16 октября 2006 года в Ленск прибыл вновь назначенный настоятель – отец Анатолий Астафьев, который до сегодняшнего дня является руководителем Ленского благочиния Якутской епархии.
2007 год ознаменовался юбилейной датой – 210 лет со дня рождения и 30 лет прославления святителя Иннокентия Московского. Среди мероприятий значились строительство воскресной школы и установка памятнику свт. Иннокетию. 12 ноября 2008 года эти два объекта были сданы и освящены владыкой Зосимой. Спустя 10 лет на базе воскресной школы был создан Центр православной культуры.
С благословения и поддержки архиепископа Якутского и Ленского Романа проходят все мероприятия и строятся планы на новые.
В 2021 году исполняется ровно 20 лет со дня восстановления города Ленска. 23 сентября отметил свой юбилей и приход храма святителя Иннокентия Московского. В период двадцатилетней жизни в храм по прежнему приходят его давние прихожане, появляются новые интересные люди, проводятся мероприятия. Впереди еще много совместных проектов и удачных начинаний.